国家重点学科：外科学(神外)、眼科学、耳鼻咽喉科学、神经生物学、内科学(呼吸系病)、内科学(心血管病)、神经病学、儿科学。
国家重点(培育)学科：内科学(消化系病)、影像医学与核医学。
中国中医药管理局重点学科：中西医结合、中医眼科学、中医心病学、中医脾胃学、中医肿瘤学、中医皮肤病学、针灸学、中医传染病学(培育)、中医疮疡病学、中医急症学、临床中医学、中医络病学(培育)、中医传染病学(培育)、中医神志病学(培育)
交叉学科北京市重点学科：全科医学
一级学科北京市重点学科：临床医学，生物医学工程，基础医学，生物学
二级学科北京市重点学科：流行病与卫生统计学，口腔临床医学，口腔基础医学，药物化学，药理学，社会医学与卫生事业管理
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一级学科北京市重点建设学科：公共卫生与预防医学，中医学。
二级学科北京市重点建设学科：思想政治教育，应用心理学，中西医结合基础，中西医结合临床，药剂学，药物分析学。
国家级特色专业：临床医学、口腔医学、护理学、生物医学工程、预防医学、药学、中医学。
北京市级特色专业:临床医学、口腔医学、护理学、生物医学工程、预防医学、药学、中医学、康复治疗学、卫生事业管理学、假肢矫形工程。
