截至2017年9月，学校设有动物科学学院、兽医学院、农学院、林学院、生态环境学院、机电工程学院、水利与土木建筑工程学院、材料科学与艺术设计学院、经济管理学院、食品科学与工程学院、计算机与信息工程学院、生命科学学院、人文社会科学学院、外国语言学院、理学院、能源与交通工程学院、马克思主义学院、国际教育学院、继续教育学院(中央农业干部教育培训中心农大分院)、职业技术学院、体育教学部等22个院(部)，其中内蒙古农业大学职业技术学院是全国高等职业教育示范院校建设单位。
| 序号 | 专业 | 本专科 |
| 1 | 金融学 | 本科 |
| 2 | 财务管理 | 本科 |
| 3 | 农林经济管理 | 本科 |
| 4 | 会计学 | 本科 |
| 5 | 机械设计制造及其自动化 | 本科 |
| 6 | 电气工程及其自动化 | 本科 |
| 7 | 农业水利工程(含卓越农林计划) | 本科 |
| 8 | 水文与水资源工程 | 本科 |
| 9 | 风景园林 | 本科 |
| 10 | 食品科学与工程(含卓越农林计划) | 本科 |
| 11 | 新能源科学与工程 | 本科 |
| 12 | 动物科学(英才基地班) | 本科 |
| 13 | 动物医学(英才基地班) | 本科 |
| 14 | 草业科学(英才基地班) | 本科 |
| 15 | 水土保持与荒漠化防治(英才基地班) | 本科 |
| 16 | 行政管理 | 本科 |
| 17 | 社会工作 | 本科 |
| 18 | 法学 | 本科 |
| 19 | 草业科学 | 本科 |
| 20 | 林学 | 本科 |
| 21 | 森林保护 | 本科 |
| 22 | 农业电气化 | 本科 |
| 23 | 农业资源与环境 | 本科 |
| 24 | 经济学 | 本科 |
| 25 | 工商管理 | 本科 |
| 26 | 物流管理 | 本科 |
| 27 | 英语 | 本科 |
| 28 | 动物科学(含卓越农林计划) | 本科 |
| 29 | 水产养殖学 | 本科 |
| 30 | 动物医学(含卓越农林计划) | 本科 |
| 31 | 动物药学 | 本科 |
| 32 | 动植物检疫 | 本科 |
| 33 | 农学(含卓越农林计划) | 本科 |
| 34 | 园艺 | 本科 |
| 35 | 植物保护 | 本科 |
| 36 | 种子科学与工程 | 本科 |
| 37 | 植物科学与技术 | 本科 |
| 38 | 设施农业科学与工程 | 本科 |
| 39 | 林学(含卓越农林计划) | 本科 |
| 40 | 园林 | 本科 |
| 41 | 消防工程 | 本科 |
| 42 | 城乡规划 | 本科 |
| 43 | 草业科学(含卓越农林计划) | 本科 |
| 44 | 水土保持与荒漠化防治 | 本科 |
| 45 | 人文地理与城乡规划 | 本科 |
| 46 | 土地资源管理 | 本科 |
| 47 | 农业机械化及其自动化(含卓越农林计划) | 本科 |
| 48 | 工业设计 | 本科 |
| 49 | 车辆工程 | 本科 |
| 50 | 给排水科学与工程 | 本科 |
| 51 | 环境工程 | 本科 |
| 52 | 土木工程 | 本科 |
| 53 | 水利水电工程 | 本科 |
| 54 | 测绘工程 | 本科 |
| 55 | 建筑学 | 本科 |
| 56 | 地质工程 | 本科 |
| 57 | 工程造价 | 本科 |
| 58 | 材料科学与工程 | 本科 |
| 59 | 木材科学与工程 | 本科 |
| 60 | 电子商务 | 本科 |
| 61 | 食品质量与安全 | 本科 |
| 62 | 包装工程 | 本科 |
| 63 | 乳品工程 | 本科 |
| 64 | 信息管理与信息系统 | 本科 |
| 65 | 计算机科学与技术 | 本科 |
| 66 | 软件工程 | 本科 |
| 67 | 网络工程 | 本科 |
| 68 | 物联网工程 | 本科 |
| 69 | 信息管理与信息系统(大数据分析方向) | 本科 |
| 70 | 网络工程 (大数据开发方向) | 本科 |
| 71 | 生物科学类(生物科学、生物技术) | 本科 |
| 72 | 生物工程 | 本科 |
| 73 | 制药工程 | 本科 |
| 74 | 应用统计学 | 本科 |
| 75 | 应用化学 | 本科 |
| 76 | 电子科学与技术 | 本科 |
| 77 | 化学工程与工艺 | 本科 |
| 78 | 道路桥梁与渡河工程 | 本科 |
| 79 | 交通运输 | 本科 |
| 80 | 交通工程 | 本科 |
| 81 | 森林工程 | 本科 |
| 82 | 自然保护与环境生态类(中外合作办学) | 本科 |
| 83 | 食品科学与工程类(中外合作办学) | 本科 |
| 84 | 市场营销(足球方向) | 专科专业 |
| 85 | 园艺技术 | 专科专业 |
| 86 | 园林技术 | 专科专业 |
| 87 | 畜牧兽医 | 专科专业 |
| 88 | 食品加工技术 | 专科专业 |
| 89 | 食品营养与检测 | 专科专业 |
| 90 | 电子商务 | 专科专业 |
| 91 | 给排水工程技术 | 专科专业 |
| 92 | 工程造价 | 专科专业 |
| 93 | 建筑工程技术 | 专科专业 |
| 94 | 计算机网络技术 | 专科专业 |
| 95 | 计算机信息管理 | 专科专业 |
| 96 | 汽车检测与维修技术 | 专科专业 |
| 97 | 市场营销 | 专科专业 |
| 98 | 文秘 | 专科专业 |
| 99 | 旅游管理 | 专科专业 |
| 100 | 会展策划与管理 | 专科专业 |
| 101 | 工商企业管理 | 专科专业 |
| 102 | 物流管理 | 专科专业 |
| 103 | 畜牧兽医(运动马驯养与管理方向) | 专科专业 |
| 104 | 畜牧兽医(运动马驯养与管理方向) | 专科专业 |
| 105 | 畜牧兽医(运动马驯养与管理方向) | 专科专业 |
| 106 | 畜牧兽医(运动马驯养与管理方向) | 专科专业 |
| 107 | 畜牧兽医(运动马驯养与管理方向) | 专科专业 |
| 108 | 畜牧兽医(运动马驯养与管理方向) | 专科专业 |
| 109 | 畜牧兽医(运动马驯养与管理方向) | 专科专业 |
| 110 | 种子生产与经营 | 专科专业 |
| 111 | 饲料与动物营养 | 专科专业 |
| 112 | 畜牧兽医(蒙授) | 专科专业 |
| 113 | 食品生物技术 | 专科专业 |
| 114 | 会计 | 专科专业 |
| 115 | 建设工程管理 | 专科专业 |
| 116 | 计算机系统与维护 | 专科专业 |
| 117 | 软件技术 | 专科专业 |
| 118 | 汽车电子技术 | 专科专业 |
| 119 | 汽车营销与服务 | 专科专业 |
| 120 | 旅游管理 | 专科专业 |
| 121 | 家具艺术设计 | 专科专业 |
| 122 | 艺术设计 | 专科专业 |
| 123 | 广告设计与制作 | 专科专业 |
| 124 | 环境艺术设计 | 专科专业 |
| 125 | 数字媒体艺术设计 | 专科专业 |
| 1 | 金融学 | 4.4 (301人) |
| 2 | 土木工程 | 4.5 (246人) |
| 3 | 电气工程及其自动化 | 4.6 (235人) |
| 4 | 机械设计制造及其自动化 | 4.5 (212人) |
| 5 | 艺术设计 | 4.1 (151人) |
| 6 | 经济学类 | 4.3 (145人) |
| 7 | 动物医学类 | 4.8 (105人) |
| 8 | 法学 | 4.1 (90人) |
| 9 | 经济学 | 4.4 (87人) |
| 10 | 食品科学与工程 | 4.7 (81人) |