截至2018年3月，学校设有17个学院。
| 院系设置 | ||||
|---|---|---|---|---|
| 南方医科大学第一临床医学院 | 南方医科大学第二临床医学院 | 南方医科大学基础医学院 | 南方医科大学中医药学院 | 南方医科大学护理学院 |
| 南方医科大学生物技术学院 | 南方医科大学药学院 | 南方医科大学公共卫生与热带医学学院 | 南方医科大学生物医学工程学院 | 南方医科大学人文与管理学院 |
| 南方医科大学外国语学院 | 南方医科大学研究生学院 | 南方医科大学继续教育学院 | 南方医科大学医学职业技术学院 | 南方医科大学国际教育学院 |
| 南方医科大学马克思主义学院 | ||||
以下是南方医科大学招生信息网公布的各学院最新30个专业名单：
| 序号 | 专业名称 |
| 1 | 儿科学 |
| 2 | 法学 |
| 3 | 法医学 |
| 4 | 公共事业管理 |
| 5 | 护理学 |
| 6 | 基础医学 |
| 7 | 经济学 |
| 8 | 精神医学 |
| 9 | 康复治疗学 |
| 10 | 口腔医学 |
| 11 | 临床药学 |
| 12 | 临床医学 |
| 13 | 麻醉学 |
| 14 | 生物技术 |
| 15 | 生物信息学 |
| 16 | 生物医学工程 |
| 17 | 外国语言文学类 |
| 18 | 药学 |
| 19 | 医学检验技术 |
| 20 | 医学实验技术 |
| 21 | 医学影像学 |
| 22 | 应用统计学 |
| 23 | 应用心理学 |
| 24 | 预防医学 |
| 25 | 针灸推拿学 |
| 26 | 中西医临床医学 |
| 27 | 中药学 |
| 28 | 中药制药 |
| 29 | 中医学 |
| 30 | 助产学 |
| 1 | 临床医学 | 4.7 (525人) |
| 2 | 医学影像学 | 4.8 (318人) |
| 3 | 口腔医学 | 4.8 (307人) |
| 4 | 生物医学工程 | 4.4 (269人) |
| 5 | 护理学 | 4.5 (201人) |
| 6 | 统计学 | 4.7 (131人) |
| 7 | 医学检验技术 | 4.5 (110人) |
| 8 | 基础医学 | 4.2 (104人) |
| 9 | 预防医学 | 4.3 (96人) |