为了解决七十年代后期的初中入学高峰，缓解清波地区各小学毕业升入初中学习的困难，于1978年7月创建了杭州清波中学（据史料记载抗日战争前就有清波中学）。以后上城区的青春二中和西牌楼中学并入清波中学，成为上城区唯一的一所区办中学。
1978-1983年12月，清波中学与清波小学合用校舍，实行一套领导班子，中、小学两块学校牌子，由方闺廉任校长。1984年1月，该校迁至四宜亭7号单独设校，由骆正第担任校党支部书记兼校长，莫小可任副校长。
学校初创时，校舍、设施十分简陋，但是在广大师生的努力下，教育教学取得了好成绩。1979年、1980年、1981年连续三届初中毕业生在升学考试中，录取分数均超过全市非重点中学平均分数线。其中1981年初三升学考成绩名列全市普通中学第一名，1990年在全市初中毕业生毕业、升学会考中，化学、生理卫生两科合格率获全市普通中学第一名，物理科居第二名，语文科居第三名。化学科优秀率居全市第三名，受到省市教育部门领导的表扬。1989年——1993年连续五年初中毕业升学会考的语文、化学、物理、英语成绩在第四联考区的普通中学名列前三名，尤其是化学成绩名列市的前三名，受到市教委的表扬。
1982年秋，上城区各小学均有历年来多次留级无法考入初中的学生，约有80名之多，这些学生年龄16-18岁，学习成绩差，品德有较大缺陷，留在小学学习，严重地影响了小学的正常教学秩序和教学质量。为此当时的局领导就把这80余名小学，集中放在清波中学，称为初中职业班，清波中学的全体领导和教工，顾全大局，在场地和教师缺乏的情况下，毅然挑起了这个重担，经过三年的努力，终于把这80余位学生带到初三，使他们毕业，解决了升学和就业问题，顺利地完成了教育局领导交给的任务，为上城区小学正常的教学秩序，良好的教学、教育质量，提供了保证。
1993年以来，清波中学还开办了职业高中，培养了约500名职高毕业生，为上城商业，娃哈哈集团公司和杭州各大商场输送了合格的职业技术人才。
清波中学二十三年来培养了23届65个班，约2680名合格的初中毕业生及500名合格的职高毕业生，分担了上城区、西湖区，杭州市教育部门的忧愁，为不少市民、村民、外来人员子女的学习做了贡献，为杭州市教育事业的发展做了贡献，1978年—1983年，学校每年都被上城区人民政府评为区先进集体。
清波中学办学二十三的历史，是一部艰苦的办学史，清波中学的领导和教师为学校的发展，倾注了全部的心血，二十三年来，学校领导和教师更是把青春年华奉献给了清波中学这块贫脊的土地，是他们使那些学习困难生和品德有缺陷的学生得到了平等的教育，提高了素质;使基础较好的学生获得进重点高中学习的机会。清波中学的教工，默默无闻的工作二十三年来作出了不可磨损的功迹!
由于吴山开发的需要，清波中学于1999年7月停止招收初中和职高新生。2001年7月6日上城区教育局下文与杭州市清河中学合并。当时的校长兼党支部书记是莫小可，副校长兼教导主任是郑国良。
