学校现有教育部重点实验室2个，北京市重点实验室2个，国家中医药管理局重点研究室9个，国家中医药管理局三级（最高级）实验室14个，是国家理科基础科学研究和教学人才培养基地、国家生命科学与技术人才培养基地，建设有教育部中药制药与新药开发关键技术工程中心、中医药现代化网上合作研究中心、中药材规范化生产工程中心、国家大学科技园（与北京师范大学共建）。