学校始建于1948年，其前身为黑龙江农业干部学校，1956年经国务院批准更名为北安农学院。
1958年4月，与长春畜牧兽医大学、长春农学院筹备处等合并成立长春农学院，周恩来总理亲笔题写了“长春农学院”校名。
1959年3月长春农业机械化专科学校并入长春农学院，同年6月，吉林省人民委员会按照中共中央和国务院下达的《关于整顿1958年新建的全日制和半日制高等学校的通知》精神，长春农学院正式更名为吉林农业大学。