上海财经大学源于1917年南京高等师范学校创办的商科，著名社会活动家、爱国民主人士杨杏佛任商科主任。南京高等师范学校扩展为国立东南大学时，为适应商学人才培养的需要，商科迁址上海，于1921年成立上海商科大学，这是中国教育史上最早的商科大学，著名教育家郭秉文任校长，著名经济学家马寅初任教务主任。几经变革，1932年8月独立建校，定名为国立上海商学院，时为国内唯一的国立商科类本科高校。
1950年8月，学校更名为上海财政经济学院，著名经济学家孙冶方和姚耐为院长、副院长。20世纪50年代初全国高校院系调整，复旦大学、交通大学、圣约翰大学、沪江大学、厦门大学、东吴大学等20余所高校的商学院或财经系科相继并入，上海财政经济学院遂成为华东地区唯一的财经类高等学校，云集了褚凤仪、褚葆一、李炳焕、李鸿寿、孙怀仁、吴承禧、王惟中、杨荫溥、龚清浩、许本怡、周伯棣、邹依仁、薛仲三、周有光、尹文敬、刘絜敖、彭信威、胡寄窗、娄尔行等各学科著名教授。1980年3月，学校隶属财政部领导。1985年9月，学校更名为上海财经大学。2000年2月，学校划归教育部领导。