南通理工学院江苏省“十三五”重点建设学科一览表:
| 学科名称 | 学科代码 | 所在学院 | 备注 |
| 机械工程 | 0802 | 机械工程学院 | 十三五 |
| 工商管理 | 1202 | 商学院 | 十三五 |
| 1 | 建筑工程技术 | 4.6 (43人) |
| 2 | 道路桥梁工程技术 | 4.8 (28人) |
| 3 | 船舶工程技术 | 4.8 (27人) |
| 4 | 会计与审计 | 4.3 (21人) |
| 5 | 工程造价 | 4.8 (20人) |
| 6 | 新能源应用技术 | 4.8 (18人) |
| 7 | 计算机网络技术 | 4.6 (12人) |
| 8 | 港口物流设备与自动控制 | 4.1 (12人) |
| 9 | 生物技术及应用 | 4.5 (11人) |
| 10 | 会计 | 4.5 (11人) |
| 1 | 机电一体化技术 | 5.0 (9人) |
| 2 | 物流管理 | 5.0 (6人) |
| 3 | 船舶舾装工程技术 | 5.0 (6人) |
| 4 | 报关与国际货运 | 5.0 (6人) |
| 5 | 通信技术 | 5.0 (5人) |
| 6 | 应用英语 | 5.0 (5人) |
| 7 | 广告设计与制作 | 5.0 (5人) |
| 8 | 环境艺术设计 | 5.0 (5人) |
| 9 | 影视动画 | 5.0 (5人) |
| 10 | 能源类 | 5.0 (5人) |