学校坚持学科兴校。建有12个省级重点学科（光学工程、政治经济学、国际法学、文艺学、传播学、光学、细胞生物学、材料物理与化学、通信与信息系统、信号与信息处理、建筑设计及其理论、结构工程）；1个教育部和广东省重点实验室（光电子器件与系统重点实验室）；1个国防科技重点实验室（ATR国防科技重点实验室智能信息处理研究室）；1个科技部国家生化中心（深圳国家生化工程技术开发中心）；7个深圳市重点实验室（深圳市激光工程重点实验室、深圳市特种功能材料重点实验室、深圳市现代通信与信息处理重点实验室、深圳市土木工程耐久性重点实验室、深圳市微生物基因工程重点实验室、深圳市生物医学工程重点实验室、深圳市微纳光子信息技术重点实验室）；1个教育部省属高校人文社科重点研究基地（中国经济特区研究中心）；2个广东省高校人文社科重点研究基地（当代中国政治研究所、传媒与文化发展研究中心）；1个深圳市人文社科重点研究基地（深圳现代艺术与设计研究中心）。