学院设有海关管理研究所和海关国际问题、海关法、海关风险管理、关税、报关等研究中心，紧密结合海关改革发展和双边、多边、区域海关国际合作中面临的热点、难点问题开展科学研究。2009年，学院获准设立上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室。