学校现有内蒙古草地生态学重点实验室—省部共建国家重点实验室培育基地、教育部人文社会科学重点研究基地—内蒙古大学蒙古学研究中心、哺乳动物生殖生物学及生物技术教育部重点实验室、牧草与特色作物生物技术省部共建教育部重点实验室、教育部民族学科蒙古学文献信息中心，有9个自治区重点实验室、 2个自治区工程技术研究中心、2个自治区高等学校人文社会科学重点研究基地。