云南中医学院成立于1960年，是全国第二批成立的中医药院校之一，前身是成立于1953年的昆明中医进修学校。
1951年经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班。
1953年3月，在昆明中医进修班基础上，经上级批准，成立昆明中医进修学校，专门承办中医进修班。校址位于昆明市景星街110号，校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。同年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅领导，校址迁至昆明市三合营原13号。
1957年1月校址从昆明市三合营13号又迁至昆明高峣办学，上级任命省卫生厅厅长王天顺兼任校长。同年增设 “中医师资班”、“针灸师资训练班”、“中药调剂班”、“麻风防治干部训练班”和“卫生干部文化班”。
1958年7月1日昆明中医进修学校更名为云南省中医学校，校址迁至昆明市平政街41号，自此正式开办四年制中医中专班。同年再增设“保育训练班”和两年制“西医离职学习中医研究班”，在校学生总数达630人。王多海担任校长，吴佩衡担任副校长，后由吴佩衡担任校长，王多海任党总支书记兼副校长。
1960年5月，为贯彻党的卫生工作方针，落实党的中医政策，发掘、整理祖国中医药遗产，云南中医学院正式挂牌成立。吴佩衡任首任院长。
1962年初，由于国家处于经济困难时期，云南中医学院面临停办危机。时逢周总理到云南视察工作，在周恩来总理的关怀下，云南中医学院得以保留。
1964年2月，学校校址自昆明市平政街41号迁至白塔路6号（原昆明第一卫生学校校址），占地30亩。
“文化大革命”期间，学院和全国其他高校一样，办学受到严重影响，造成了不可估量的损失。“文革”后期，师生员工在极其艰难的条件下坚持办学， 1971年至1976年累计毕业三年制中医专业学生630人。
1987年9月12日，经上级批准，在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，扩建学校。 　　
1992年2月，中药系由白塔校区搬到关上校区办学，自此关上新校区正式启用。　　
1997年，学校承担中国“99昆明世界园艺博览会”药草园建设工作，该园是博览会设建的六大专题园区之一，为世界博览会之首创。1999年建成，得到江泽民总书记、李岚清副总理等党和国家领导人的高度评价，荣获“中国’99昆明世界园艺博览会”贡献奖。　　
1997年，学校党政部门全部搬到关上校区办公，自此关上校区成为校本部。　　
2005年，为适应中医药教育发展的需要，经上级批准，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设，2008年9月10日，呈贡新校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。 　　
2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3 000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区，成为第一家整体搬迁入驻呈贡新区的高校。从此，云南中医学院的历史又翻开了新的一页。
2010年5月，省委对学院党政领导班子主要负责同志职务进行了调整，新一届党政领导班子到任，杨建军同志任党委书记，李玛琳同志任校长。
2010年11月20日，学院在呈贡校区隆重庆祝建校50周年庆典活动。