南京邮电大学成立于1958年，连同前身，校史历经60余年。其前身最早是1942年创办于山东滨海抗日民主根据地的“战时邮务总局干部训练班”， 1945年7月训练班扩建为“战邮”学校，嗣后，一度称为山东大学邮电专科部及山东邮政专科学校。校址先后辗转在鲁南、临沂、五连等地。在1942年至 1947年间，训练班主任及嗣后学校校长均由当时战邮总局局长赵志刚兼任。（赵志刚在建国后曾长期担任邮电部副部长主管邮电教育工作。）1948年，学校在益都（青州）定名华东邮电学校,隶属于当时华东邮电管理总局。1949年8月，学校从山东济南迁到南京市。在1942年至1949年建国之前的八年间， 学校为革命战争培养了一批急需的邮电通信中坚人才。
1950年12月，学校扩建成为直属邮电部的南京邮电学校，兼办中等专业和高等专科班。学校于1951年11月至1953年4月间，经邮电部决定一度 改隶由华东邮电管理局领导辖管并改名为华东邮电学校。1954年，学校发展分立为邮电部南京电信学校和南京邮政学校，至1958年7月。在1948年至 1958年的十年间，担任学校主要领导人的先后有盛同、耿国兴、曹丹辉（华东邮电管理局局长兼任校长）、刘砚田、李雪枫、沈毅力、于江、刘维毅等。
1958年8月，国家批准，邮电部以（58）干校字第60号通知，“兹决定自本年八月份起将南京电信学校改为高等学校并定名为南京邮电学院，本科设置 无线电通信与广播、电报电话通信和邮电组织与计划三个专业；专科所设专业与原专科班同，最终容量定为4000人。为挖掘潜力、节约投资起见，将南京邮政学 校并归南京邮电学院。”同年9月，无线电通信及电报电话通信两专业的五年制本科生194名及电信专科生48名入学。1972年5月至1973年2月曾一度 更名为南京电信工程学院。建院以来，学院主要领导人有：秦华礼、秦剑秋、郭祥云、王洪滨、郑薇薇。
南京邮电大学是邮电部（1999年3月后为信息产业部）部属重点院校；自2000年2月全国高校领导体制改革后，南邮实行中央与地方共建，以江苏省管理为主。
2005年4月，经江苏省人民政府研究，并报教育部批准，南京邮电学院更名为南京邮电大学。