沈红旗老师独立完成四项市区级的教研课题，主持两项区级课题，参与多项市级课题的研究。2001年分获区教研成果二等奖、三等奖，2003年起开始担纲全国哲学社会科学“十五”规划项目“新世纪中国素质教育研究”子课题“素质教育与校园文学”的研究。另外，他还参与了本校的市级课题“男女同校分班的性别差异研究”。2004年分获市写作学会年会论文二等奖、年会论著三等奖，2005年获市写作学会年会论文一等奖，2006年再次获市写作学会年会论文二等奖、年会论著三等奖，2005年获“区教育科研工作先进个人”称号。2006年获教育部“十五”重点课题“学生学习潜能开发研究”总课题组总结性评审二等奖。