自2003年杜茂芝同志接任校长以后，学校在继承优良传统的基础上，有所发展，有所创新。在“尊重、适合、和谐、发展”的办学理念、办学思想的指导下，学校制定了《2004-2007年学校发展规划》，实施了“人本化的管理、人本化的教育”，使学校精神面貌焕然一新，教育教学质量稳中有升，办学水平不断提高。目前，北医附中是北京市绿化、美化花园式学校、北京市先进少年军校、海淀区国防教育先进学校、海淀区艺术教育特色项目校、北京市文明礼仪示范校、海淀区 EPD 实验校。2006年被北京晨报、新浪网评为《北京最佳育人环境的中学》和《北京最有影响力的中学》。