从教育部最新公布的全国高等学校名单可知，海关总署直属大学只有1所，即上海海关学院，位于上海市。
上海海关学院简介
上海海关学院前身为创建于1953年的上海海关学校；1980年5月，经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年4月，原国家教委批准学院更名为上海海关高等专科学校；2007年3月，经教育部批准，设立上海海关学院，成为新设置的全日制普通高等学校，海关高等教育事业翻开了崭新的篇章。2012年12月，被国务院学位委员会正式批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”--学士学位授予单位开展培养专业硕士学位研究生的试点工作单位。2018年5月，学校获批成为硕士学位授予单位，同时获批公共管理以及税务2个硕士专业学位授权点，同年海关管理专业成为世界海关组织PICARD标准认证专业。
学校位于上海市浦东新区，占地面积521亩。按照教育部普通高等学校设置标准，学校建有现代化的教学楼、图书馆和先进的ATM校园网，教室都具备多媒体授课的条件；并建有数码阅览室、视听室、文娱活动综合楼、网球场、游泳馆、体育馆等配套设施，为学生营造一个良好的学习和生活环境。
学校现设有海关与公共管理学院、海关与公共经济学院、工商管理与关务学院、海关法律系、海关外语系、公共教学部、马克思主义学院和检验检疫技术交流部(筹)等八个院(系)；设置了海关管理、行政管理、物流管理、审计学、国际商务、税收学、应用统计学、法学、英语等9个本科专业和公共管理硕士、税务硕士2个专业学位点，分属管理学、经济学、法学、文学等4个学科门类。