据2016年8月官网显示，学院设有机械与材料学院、电子信息与电气工程学院、建筑与土木工程学院、商学院、人文与艺术学院、理学院、继续教育学院国际教育学院等八个二级学院，三中心(体育中心、CDIO实践中心、实验中心)。开设26个本科专业(机械工程及自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、电子信息工程、通信工程、物联网工程、机械电子工程、光电信息科学与工程、软件工程、信息计算科学、土木工程、建筑学、材料科学与工程、新能源材料与器件、国际经济与贸易、财务管理、工程管理、信息管理与信息系统、传播学、广告学、工程造价、音乐表演、动画、风景园林、投资学、市场营销)。
以下是厦门工学院招生信息网公布的各学院最新27个专业名单：
| 序号 | 院系 | 专业 | 学制 | 科类 |
| 1 | 机械与制造工程学院 | 机械工程 | 四年 | 理工 |
| 2 | 材料科学与工程 | 四年 | 理工 | |
| 3 | 新能源材料与器件 | 四年 | 理工 | |
| 4 | 机械电子工程 | 四年 | 理工 | |
| 5 | 电子信息与电气工程学院 | 电子信息工程 | 四年 | 理工 |
| 6 | 通信工程 | 四年 | 理工 | |
| 7 | 光电信息科学与工程 | 四年 | 理工 | |
| 8 | 电气工程及其自动化 | 四年 | 理工 | |
| 9 | 物联网工程 | 四年 | 理工 | |
| 10 | 自动化 | 四年 | 理工 | |
| 11 | 建筑与土木工程学院 | 土木工程 | 四年 | 理工 |
| 12 | 工程管理 | 四年 | 理工 | |
| 13 | 工程造价 | 四年 | 理工 | |
| 14 | 建筑学 | 四年 | 理工 | |
| 15 | 风景园林 | 四年 | 理工 | |
| 16 | 商学院 | 国际经济与贸易 | 四年 | 文理兼招 |
| 17 | 财务管理 | 四年 | 文理兼招 | |
| 18 | 市场营销 | 四年 | 文理兼招 | |
| 19 | 投资学 | 四年 | 文理兼招 | |
| 20 | 文化与传播学院 | 传播学 | 四年 | 文理兼招 |
| 21 | 广告学 | 四年 | 文理兼招 | |
| 22 | 外语与国际教育学院 | 商务英语 | 四年 | 文理兼招 |
| 23 | 艺术学院 | 动画 | 四年 | 艺术文理兼招 |
| 24 | 音乐表演 | 四年 | 艺术文 | |
| 25 | 计算机与人工智能学院 | 软件工程 | 四年 | 理工 |
| 26 | 信息管理与信息系统 | 四年 | 理工 | |
| 27 | 信息与计算科学 | 四年 | 理工 |
| 1 | 土木工程 | 4.5 (175人) |
| 2 | 国际经济与贸易 | 4.6 (173人) |
| 3 | 机械工程及自动化 | 4.5 (153人) |
| 4 | 电气工程及其自动化 | 4.5 (130人) |
| 5 | 电子信息工程 | 4.5 (114人) |
| 6 | 建筑学 | 4.7 (57人) |
| 7 | 软件工程 | 4.5 (51人) |
| 8 | 材料科学与工程 | 4.4 (51人) |