| 二级学院 | 本科专业 | 专科专业 |
| 杭州医学院临床医学院 | 临床医学、康复治疗学、儿科学 | 临床医学、康复治疗技术 |
| 杭州医学院检验医学院 | 医学信息工程、卫生检验与检疫、医学检验技术 | 医学检验技术、卫生检验与检疫技术 |
| 杭州医学院医学影像学院 | 医学影像技术、医学影像学、应用物理学 | 医学影像技术 |
| 杭州医学院公共卫生学院 | 预防医学 | 卫生信息管理、健康管理、卫生监督 |
| 杭州医学院药学院 | 药学 | 药学 |
| 杭州医学院基础医学与法医学院 | 法医学 | -------- |
| 杭州医学院存济口腔医学院 | 口腔医学 | 口腔医学 |
| 杭州医学院护理学院 | 护理学、助产学 | 护理 |