一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学
二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理
国家重点(培育)学科：食品科学
江苏重点建设学科
十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学
二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。
江苏高校优势学科建设工程：作物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学
南京农业大学有作物学、农业资源与环境等2个学科入选了世界一流学科建设名单。
1、 动物医学推荐指数:4.8(210人推荐)
2、 金融学推荐指数:4.7(178人推荐)
3、 农学推荐指数:4.6(173人推荐)
4、 国际经济与贸易推荐指数:4.4(149人推荐)
5、 机械设计制造及其自动化推荐指数:4.5(137人推荐)
6、 农林经济管理推荐指数:4.7(108人推荐)
7、 土地资源管理推荐指数:4.9(88人推荐)
8、 植物保护推荐指数:4.7(75人推荐)
9、 日语推荐指数:4.8(57人推荐)
10、 园艺推荐指数:4.8(52人推荐)
11、 自动化推荐指数:4.8(51人推荐)
12、 食品科学与工程推荐指数:4.7(45人推荐)
13、 生物技术推荐指数:4.6(42人推荐)
14、 农业经济管理类推荐指数:5.0(41人推荐)
15、 动物科学推荐指数:4.8(41人推荐)
16、 园林推荐指数:4.9(40人推荐)
17、 农业机械化及其自动化推荐指数:4.7(40人推荐)
18、 电子信息科学与技术推荐指数:4.7(35人推荐)
19、 食品质量与安全推荐指数:4.7(35人推荐)
