12个国家重点实验室
5个国家工程研究中心
4个国家级文科重点研究基地
14个教育部重点实验室

国家重点实验室（12个）

摩擦学国家重点实验室
智能技术与系统国家重点实验室
集成光电子学联合国家重点实验室(清华大学实验区)
化学工程联合国家重点实验室(萃取分离分室)
生物膜与膜生物工程国家重点实验室(膜生物物理分室)
电力系统及大型发电设备安全控制和仿真实验室
微波与数字通信技术国家重点实验室
新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室
汽车安全与节能国家重点实验室
环境模拟与污染控制联合国家重点实验室(清华分室)
精密测试技术及仪器国家重点实验室（清华分室）
水沙科学与水利水电技术国家重点实验室（筹）

教育部重点实验室（15个）

生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室
原子分子纳米科学教育部重点实验室
破坏力学教育部重点实验室
先进材料教育部重点实验室
结构工程与振动教育部重点实验室
先进反应堆工程与安全教育部重点实验室
蛋白质科学教育部重点实验室
普适计算教育部重点实验室
粒子技术与辐射成像教育部重点实验室
生物信息学教育部重点实验室
有机光电子及分子工程教育部重点实验室
热科学与动力工程教育部重点实验室（筹）
先进成形制造教育部重点实验室
信息系统安全教育部重点实验室
生态规划与绿色建筑教育部重点实验室

科技部重点实验室（1个）

新材料模拟设计科技部重点实验室

北京市重点实验室（5个）

精细陶瓷北京市重点实验室
绿色反应工程与工艺北京市重点实验室
传热与能源利用北京市重点实验室
“3E”能源北京市重点实验室
蛋白质药物北京市重点实验室