1960年，湖南高校调整，学校保留校名，改为师专。1978年8月，学校升格为省属综合性大学，1979年开始招收本科生。2000年8月，吉首卫生学校并入吉首大学。2002年10月，武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年，学校获得硕士学位授予权。2006年6月，湘西州人民医院成为吉首大学附属医院。2006年，顺利通过教育部本科教学工作水平评估，并被评为优秀。