西藏大学是西藏自治区唯一一所综合性大学，由原西藏大学和原西藏农牧学院于2001年合并组建而成。合并前的两所学校都有着光荣的历史和传统。
原西藏大学办学历史可追溯到1951年，西藏刚刚和平解放，进藏人民解放军在现西藏大学校本部办起了藏文干部训练班，后历经西藏军区干部学校、西藏地方干部学校、西藏行政干部学校三个阶段。随着西藏教育事业的发展，为解决小学、中学师资紧缺的问题，1965年，在西藏行政干部学校的基础上，建立了西藏自治区第一所师范学校。1975年，在西藏师范学校的基础上，成立了西藏历史上第一所高等师范学院——西藏师范学院。1985年7月，在西藏师范学院的基础上成立西藏大学。1999年，自治区艺术中专学校并入西藏大学。2001年，西藏医学专科学校与西藏民族学院医疗系并入西藏大学。
原西藏农牧学院是西藏自治区唯一一所高等农业院校，其前身是西藏民族学院林芝分院，1971年开始筹建，1978年正式命名为西藏农牧学院，是我区农、牧、林、水电领域专业人才培养与科技创新的重要基地。
经过几十年的艰苦创业，西藏大学摸索出了一条在极具特殊性的高原民族地区办高等教育的路子，奠定了持续健康发展的良好基础。2001年，西藏大学被确定为自治区重点建设大学，2004年9月，自治区人民政府与教育部签订《共建西藏大学协议》，西藏大学成为区部共建高校。2009年12月，西藏大学成为“211工程”重点建设大学。
学校的建设和发展始终得到了党中央、国务院的亲切关怀和自治区领导的高度重视。1980年，时任中共中央总书记的胡耀邦同志在西藏考察时指出：“西藏必须建立一所综合性的西藏大学”。1989年，1991年，时任自治区党委书记的胡锦涛同志先后2次莅临西藏大学检查指导工作，作出了“西藏大学的发展必须和我区的经济、社会发展规划协调起来，专业应拓宽”的重要指示。2000年，时任国务院副总理的李岚清同志视察我校，提出“要重点支持西藏大学建设”。2001年，中央第四次西藏工作座谈会明确指出：“要集中力量办好西藏大学”。党和国家领导人李鹏、李铁映、陈至立、热地、路甬祥、阿沛·阿旺晋美、班禅·额尔德尼·确吉坚赞及国家发改委、教育部、财政部、科技部等国家部委的领导多次来校考察指导工作。党中央和国务院始终高度重视西藏教育事业发展，从上世纪70年代开始，从北京、上海、天津选派援藏教师对口支援西藏师院、西藏大学的建设。进入新世纪以来，又掀起了新一轮对口支援的高潮，现有西南交通大学等13所高校对口支援我校。特别是通过西部一省一校、西藏大学改扩建、区部共建等工程项目，投入专项建设经费6.65亿元，使学校的硬件建设上了一个大的台阶。历届自治区党委书记、自治区主席都曾到西藏大学检查指导工作，现任自治区党委书记张庆黎同志明确指出：“要把西藏大学办成重点突出、具有特色、管理一流、人才实用的高水平综合大学。”