位于杨浦区的军工路校区，源于1906年创办的沪江大学；位于徐汇区的复兴路校区，源于1907年创办的德文医学堂。1996年华东工业大学（原上海机械学院）与上海机械高等专科学校合并组建为上海理工大学。1999年上海光学仪器研究所并入学校。 2003年上海医疗器械高等专科学校和上海出版印刷高等专科学校划归上海理工大学管理。