抗日战争初期,日本侵略军攻占华北,上海、南京等地相继失守,沦陷区学生纷纷失学,流离失所。其中,相当一部分流亡至战略后方西南地区,当时,教育部一方面为给流亡医学生提供继续就学机会,另一方面为奠定西南地区医学教育基础,决定在贵州省贵阳市建立国立贵阳医学院。
1937年12月31日，教育部聘李宗恩(原北京协和医学院教授、我国早期热带病学专家和医学教育家)、朱章赓(原任教育部医学教育委员会常务委员兼秘书、公共卫生学专家)、杨崇瑞(北平第一助产学校校长、协和医学院妇产科专家)等教授为国立贵阳医学院筹备委员,并任命李宗恩为筹备委员会主任委员。1938年1月1日筹委会在汉口建立,教育部加聘张志韩(原任贵州省教育厅厅长)和杭立武(在教育部任职)二人为筹备委员。在汉口实际负责筹建工作的还有原武汉大学生物化学教授汤佩松等,到贵阳后还得到原贵州省省立医院院长朱懋根的大力协助。
当时,教育部令筹委会移用国立武昌医学院筹备费十六万元(旧币),作为国立贵阳医学院筹备费，又令筹委会接收北平第一助产学校武昌办事处。筹委会于1月中旬至2月上旬.分别在汉口、重庆、西安、长沙、贵阳五处设招生处,招收流亡的医学生及护士助产学生, 登记者共约三百人,除贵阳地区外,均由招生处负责输送学生入黔。 汉口招收的学生,由汤佩松和齐登科等教授带领,从武汉出发,经重庆转抵贵阳。1938年3月1日国立贵阳医学院宣告成立,教育部正式聘任李宗恩博士为院长。直至1947年7月,李宗恩院长调任北京协和医学院院长,教育部另任朱懋根教授为我院院长。此时的贵阳医学院为全国仅有的九所国立医学院校之一。
新中国成立后，于1950年12月24日根据国家统一规定更名为“贵阳医学院”，划归贵州省人民政府管理。