山东万杰医学院始建于1995年，是经教育部批准成立的民办全日制普通本科高校，现隶属于山东省政府直属的国有大型企业——山东省商业集团有限公司。2008年12月16日，中国证监会以证监许可【2008】1405号下发通知，审核通过万杰高科重大资产重组方案，原隶属于“万杰高科”的山东万杰医学院正式由“鲁商集团”接管，学院资产已转为国有资产。因此，学院实质上已转变为社会力量办学范畴中的“国企公有学校”。
2014年，学校获批民办本科人才培养特色名校立项建设单位。
2015年4月2日，经教育部批准，原山东万杰医学院更名为齐鲁医药学院。