学校的前身是创建于1952年的东北水产技术学校，1958年升格为大连水产专科学校，1978年升格为大连水产学院，1986年学校获得硕士学位授予权，1998年学校顺利通过教育部本科教学合格评价，2000年由农业部划归辽宁省管理。2008年学校在教育部本科教学工作水平评估中取得“优秀”成绩。