本校創設於民國五十八年八月一日，創校之初，雅美族人，民智閉塞，對子女就學每加阻撓，經勸導、溝通，勉強湊足三十一名學生。因校地未決，借蘭嶼國小教室上課。其後商得台灣基督教國際兒童基金會成立蘭嶼學生中心，給予學生衣食資助，並由牧師張晃家先生兼代校務。同年十一月十一日校地解決，第一期校舍工程（辦公室一間、教室三間、工藝教室一間、廁所一間）相繼完成，乃於同年十一月十七日由紅頭遷至椰油現址，即以十一月十七日為校慶紀念日。
