学校设有1个医学部、31个教学院（中心）〔法学院、马克思主义学院、教育科学学院、信息技术与传媒学院、体育学院、文学院、外语学院、公共外语教育学院、音乐学院、美术学院、历史文化学院、数学与统计学院、物理学院、化学与生物学院、机械工程学院、电气信息工程学院、计算机科学技术学院、软件学院、汽车与建筑工程学院、林学院、基础医学院、公共卫生学院、第一临床医学院（附属医院）、医学检验学院、口腔医学院、护理学院、药学院、经济管理学院、成人与继续教育学院、国际教育交流学院、工程训练中心〕；18个学术科研机构〔学报编辑部；高等教育研究所；生命科学研究中心；北华大学经济研究所；东亚历史与文化研究院；东亚历史与文献研究中心；吉林省特色文化（吉林市文化）研究基地；吉林省长吉图旅游产业发展研究中心；吉林省特色文化（长吉图旅游文化）研究基地；吉林省林业与生态环境实验室；吉林省木质材料科学与工程重点实验室；吉林省采育林科技创新中心；电力电子应用技术吉林省科技创新中心、智能电力电子装备吉林省高等学校工程研究中心、电力电子与电力传动吉林省工程研究中心、分子医学实验室、吉林省生物大分子功能开发与应用工程实验室、吉林省五味子开发与产业工程研究中心〕；5个教学辅助机构〔图书馆、档案馆、分析测试中心、教学质量督导办公室、就业工作督导办公室〕；4个附属机构〔后勤集团（友好会馆）、附属医院（第一临床医学院）、校医院、教育基金会〕。