有国家级人才培养模式创新实验区1个，省级人才培养模式创新实验基地1个，国家级优秀教学团队1个，省级优秀教学团队2个，省级科技创新团队2个，国家级精品课程3门，省级精品（优秀）课程30门。学校现有国家级实验教学示范中心2个，省级实验教学示范中心11个。期以来，学校充分发挥学科优势，坚持自主创新，积极推动产学研结合，在科学研究、科技创新、科技成果转化等方面取得了显著成绩。学校现有“林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室”、“江苏省速生木材及农作物秸秆材料工程研究中心”、“国家林业局南方林木种子检验中心”等40个省、部级研究开发机构、重点实验室和工程研究中心，有59个校级研究所和研究中心。
省部共建重点实验室（1个）

林木遗传与生物技术

南京林业大学部、省重点开放性实验室、工程研究中心（11个）

国家林业局林木遗传和基因工程重点开放性实验室

江苏省林木遗传和基因工程重点实验室

国家林业局生态工程重点开放性实验室

江苏省林业生态工程重点实验室

国家林业局木材加工与人造板工艺重点开放性实验室

江苏省木材加工与人造板工艺重点实验室

国家林业局林产化学加工重点开放性实验室

江苏省速生木材及农作物秸杆材料工程研究中心

南京市林木新品种繁育工程技术研究中心

江苏省有害生物入侵预防与控制重点实验室

江苏省制浆造纸科学技术重点实验室

国家林业局挂靠科研、技术监督检测机构（13个）

国家林业局南方林木种子检验中心

国家林业局南方植物新品种分子测定实验室

国家林业局南京人造板质量监督检验站

国家林业局竹材工程技术研究开发中心

国家林业局木材工业引进项目培训中心

国家林业局节能技术服务中心

国家林业局林产工业设备状态监测与故障诊断技术中心

国家林业局林产化工及纸浆造纸咨询培训中心

国家林业局南方森林工程开发服务中心

国家林业局林产品经济贸易研究中心

国家林业局南方植物新品种权事务所

木犀属植物栽培品种国际登录中心

全国危险性林业有害生物检验鉴定技术培训中心