有1个国家中医药管理局重点学科，7个省局级重点学科；2个国家（局级）三级科研实验室，5个省级重点实验室。2003年以来，作为福建省八所重点建设高校之一，学校以学科建设为核心，重点建设了中医骨伤科学、中西医结合临床、中医诊断学、方剂学、中医康复学等学科，带动其它相关学科的发展，取得了显著的成绩。2008年，学校再次被列入福建省重点建设高校。