捕捞学科以及船舶与海洋工程学科多年来一直是大连水产学院的重点学科,高等数学课被评为第二批省级优秀课,水产养殖、水生生物学、农业生物环境与能源工程为校级重点学科，其中水产养殖学科是农业部、辽宁省重点学科,土木工程学院的港口航道与海岸工程专业是校级重点学科；《材料力学》课为省级优秀课，《水力学》、《钢筋混凝土结构》为校级重点课。