学校理科拥有2个国家重点实验室，1个国家野外科学观测研究站，7个教育部重点实验室和工程中心，7个上海市重点实验室和工程中心，1个教育部战略研究基地；学校文科拥有6个教育部人文社会科学重点研究基地，3个上海市社会科学创新研究基地和工作室。
国家重点实验室：
* 河口海岸学国家重点实验室
* 精密光谱科学与技术国家重点实验室
　　* 国家野外科学观测研究站：
　　* 浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站

教育部重点实验室：
* 脑功能基因组学教育部重点实验室(脑功能基因组学研究所)
* 地理信息科学教育部重点实验室
* 极化材料与器件教育部重点实验室（筹）
* 言语听觉科学教育部重点实验室（筹）
　　* 教育部工程研究中心：
　　* 纳光电集成与先进装备教育部工程研究中心(筹）
　　* 软硬件协同设计技术与应用教育部工程研究中心（筹）

上海市重点实验室：
* 上海市脑功能基因组学重点实验室
* 上海市绿色化学与化工过程绿色化重点实验室
* 上海市城市化生态过程与生态恢复重点实验室
* 上海市功能磁共振成像重点实验室
* 上海市高可信计算重点实验室（筹）