1个国家实验室（筹），6个国家重点实验室，5个国家工程研究中心，1个国家能源研究中心，2个国家工程实验室，12个教育部重点实验室，4个卫生部重点实验室，1个农业部重点实验室，23个上海市重点实验室，4个教育部工程研究中心，4个上海市工程技术研究中心，3个世界卫生组织合作中心， 1个国家技术转移中心和1个国家大学科技园。

医学基因组学国家重点实验室
癌基因与相关基因国家重点实验室
金属基复合材料国家重点实验室
区域光纤通信网与新型光通信系统国家重点实验室
机械系统与振动国家重点实验室
海洋工程国家重点实验室