学校拥有221个具有现代化研究手段的实验室，其中教育部人文社会科学重点研究基地6个，新一轮“985工程”建设项目5个，国家工程实验室1个，国家重点实验室6个，教育部重点实验室10个，其他部委重点实验室20个。
国家重点实验室
　　集成光电子国家重点联合实验室（清华大学、吉林大学、中国科学院半导体研究所联合建立）
　　理论化学计算国家重点实验室
　　超硬材料国家重点实验室
　　汽车动态模拟国家重点实验室
　　无机合成与制备化学国家重点实验室
　　超分子结构与材料国家重点实验室
教育部重点实验室
　　超分子结构与材料教育部重点实验室
　　符号计算与知识工程教育部重点实验室
　　分子酶学工程教育部重点实验室
　　地面机械仿生技术教育部重点实验室
　　汽车材料教育部重点实验室
　　病理生物学教育部重点实验室
　　地球信息探测仪器教育部重点实验室
　　东北亚生物演化（教育部重点）实验室
　　人兽共患病教育部重点实验室
　　相干光与原子分子光谱教育部重点实验室(筹)