1907年，德国医生埃里希·宝隆在德中各界支持下，于上海创办了德文医学堂，即为同济大学的前身。翌年改名同济德文医学堂。“同济”一词最早出自《孙子·九地》：“夫吴人与越人相恶也，当其同舟而济，遇风，其相救也如左右手。”校董们为学校取名“同济”，意蕴和衷共济，希望用现代医学造福人类。
　　1912年，同济德文医学堂与创办不久的同济德文工学堂合并，更名为同济德文医工学堂。1923年正式定名为大学。1927年成为国立同济大学，是当时首批经国民政府批准成立的7所国立大学之一。
　　抗战爆发，美丽的同济校园在侵略者的轰炸中仅剩断壁残垣。为求“一张平静的书桌”，学校于1937年开始内迁办学。经过三年流离、六次搬迁，先后辗转浙、赣、桂、滇等地，直至1940年落脚四川宜宾的李庄古镇。师生们教学不辍，坚持文化抗战。1946年回迁上海以后，同济大学发展成为以理、工、医、文、法五大学院著称的海内外著名综合性大学。
　　1952年院系调整，同济大学原有的医学、理学、文、法、测绘、造船等优势学科或支援其它高校，或整体搬迁内地，为新中国高等教育布局调整作出了贡献。同时全国10多所大学的土木建筑相关学科汇聚同济，同济大学成为国内土木建筑领域规模最大、学科最全的工科大学。
　　改革开放以后，同济大学再次站到了引领时代发展潮流的前沿。1979年，时任校长李国豪率先提出“两个转变”的办学方针——恢复与德国的传统联系、建设多科型大学，得到邓小平、方毅等中央领导同志的大力支持。经过十多年努力，同济大学恢复和发展成为一所以工为主，理工结合，经、管、文、法各具特色的多科性大学。
　　1995年11月，同济大学通过“211工程”部门预审。2002年6月，教育部与上海市人民政府签约重点共建同济大学。期间，1996年9月，原上海城市建设学院和上海建筑材料工业学院并入同济。2000年4月，同济大学与上海铁道大学合并，组建成新的同济大学。2003年11月，上海航空工业学校划归同济大学管理。
　　2007年5月，同济大学隆重庆祝建校100周年。学校在进一步梳理历史文脉、凝练精神积淀基础上，提出了“百年同济，大学对社会的承诺”的校庆主题，在全社会引起热烈反响。
　　100多年来，同济大学为国家和社会培养了近30万高素质建设者和接班人，造就了一大批杰出的政治家、科学家、教育家、企业家和工程技术人才。校友中当选中国科学院、中国工程院两院院士的超过100人，贝时璋、李国豪、裘法祖、吴孟超等是其中的杰出代表。