南京工程学院是由两所原国家示范性高等工程专科重点建设学校——南京机械高等专科学校和南京电力高等专科学校于2000年合并组建而成，2001年，经江苏省政府批准，原隶属于国家核工业部的南京工业学校并入学校。原南京机械高等专科学校的前身是同济医工学堂（同济大学前身）于1915年创建的附设机师科，历经同济高级职业学校、南京机器制造学校、南京机械专科学校等时期。从1988年起，原南京机械高等专科学校借鉴德国办学经验，按照 “3+1” 的本科人才培养模式，先后与华东工学院（现南京理工大学）、江苏工学院（现江苏大学）联合培养本科层次高级应用型工程技术人才。原南京电力高等专科学校的前身是创建于1946年的江苏省立苏州高级工业职业学校，历经南京电力学校、南京电力专科学校等时期。原两所专科学校分别隶属于原国家机械工业部和国家电力工业部，先后于1997年和2000年划转到江苏省管理。2000年以来，学校确立并贯彻“学以致用”的办学理念，发扬“知行统一，创业创新”的精神，在应用型本科教育、深化教育教学改革、推进校企合作和产学合作教育等方面进行了积极有效的探索和实践，各项事业持续健康发展，办学水平稳步提高，办学特色更加鲜明，办学实力大大增强。